環境科学部の教育コースには「環境政策コース（文系コース）」および「環境保全設計コース（理系コース）」の2つがあります。

上記コースの教育を主に担当する教員組織として「人間社会環境学系」と「環境保全設計学系」があります。

平成9年10月

長崎大学環境科学部は国立大学において最初の文理融合学部として発足

平成10年4月

1期生140名入学

平成14年3月

1期生130名卒業

平成14年4月

大学院環境科学研究科発足

平成16年4月

大学院環境科学研究科を大学院生産科学研究科（博士前期・後期課程）へ移行

平成19年3月

大学院環境科学研究科廃止

平成19年7月

環境教育研究マネジメントセンターを設置

平成20年4月

教員組織を1学科4講座制から1学科2学系制に改組

平成23年4月

大学院生産科学研究科（博士前期・後期課程）を大学院水産・環境科学総合研究科（博士前期・後期課程）へ移行

平成28年3月

環境教育研究マネジメントセンターを廃止

平成28年4月

大学院水産・環境科学総合研究科にアジア環境レジリエンス研究センターを設置

令和6年4月

大学院水産・環境科学総合研究科（博士前期・後期課程）を大学院総合生産科学研究科（博士前期・後期課程）へ移行